Первые документальные сведения о Спасском храме относятся к 1780-м годам — в экономических примечаниях к Генеральному межеванию 1778–1796 годов указано: «Погост церкви Спаса Преображения Господня; три десятины, владения священнослужителей; на суходоле в погосте церковь деревянная».
И.Ф. Рында в статье «Черты из жизни И.С. Тургенева» писал: «В прошлом столетии в селе была ветхая деревянная церковь, при которой с 1780 года состояли священники и два причетника. Несмотря на то, что в Спасском приходе было 12 богатых помещиков, однако никто из них не позаботился о храме. Только И.И. Лутовинов обратил на него внимание. Видя, что церковь уже разваливается, он в 1808 году построил на свои средства каменную, очень просторную и красивую церковь».
Новый храм Спаса Преображения был освящен 26 июня 1809 году ректором Севской семинарии Дионисием. В церкви было устроено два придела: один во имя святителя и чудотворца Николая и другой во имя великомученика Никиты, поэтому в Спасском было два храмовых праздника — Преображение Господне 6/19 августа и Никитин день 15/28 сентября.
16 января 1816 года в храме Спаса Преображения венчались Варвара Петровна Лутовинова и Сергей Николаевич Тургенев.
Вокруг храма существовало небольшое кладбище: с левой стороны от алтаря хоронили священнослужителей и членов их семей, справа находились могилы наиболее именитых прихожан (там был похоронен и младший брат писателя Сергей Тургенев, скончавшийся в апреле 1837 года).
По окончании реставрационных работ, которые велись более трех лет, 9 ноября 2000 года храм Спаса Преображения был повторно освящен и открыт для прихожан и посетителей музея.