Музей располагается в доме караульной команды путей сообщения XIX века, который является объектом культурного наследия регионального значения. Экспозиция посвящена истории самого древнего стационарного городского моста в России и его роли в жизни средневековой Новгородской республики.
Точное время строительства Великого новгородского моста неизвестно, однако упоминания о мосте, который соединял Софийскую и Торговую стороны, содержит уже Новгородская первая летопись. С XII века Великий мост перестраивался многократно. Это, в том числе, подтверждают и впечатляющие результаты подводно-археологических исследований, которые с 2005 года ведут новгородские археологи. В сложнейших условиях они исследуют дно Волхова в поисках древнейших опор моста.
Собрана значительная коллекция артефактов ремесленного производства, торговли, общественно-политической деятельности. Среди находок — несколько тысяч предметов церковной утвари и быта, украшений, монет и других раритетов XII–XVII веков, а также остатки деревянных конструкций моста, которые датируются XII веком. Именно эти ценности и стали основой экспозиции Музея Великого моста.