На территории Московского Кремля располагалась не только царская резиденция, но и резиденция патриарха. С окончанием строительства Патриарших палат в 1655 году завершилось формирование складывавшегося в XV–XVI веках ансамбля Соборной площади: огромное по тем временам трехэтажное здание замкнуло площадь с северной стороны. Сейчас для посещения доступны несколько залов.
В Крестовой палате, зале площадью 280 квадратных метров, с 1963 года находится постоянная экспозиция «Музей прикладного искусства и быта России XVII века». В прошлом именно здесь патриарх принимал царя, заседали церковные соборы и давались праздничные обеды. В XVIII столетии в Крестовой палате была возведена печь для варки церковного масла миро, отсюда ее второе название — Мироваренная. В музейных витринах гости могут увидеть личные вещи патриархов Филарета и Никона и художественные изделия, входившие в состав патриаршей и царской казны: блюда, тарели, стопы, стаканы, чарки и корчики, а также ковши и братины.
В Трапезной Патриарших палат расположены 5 витрин, в которых представлена коллекция русского художественного шитья конца XVI –XVII века, отражающая 2 его основных направления: лицевое шитье и орнаментальное. Коллекция лицевого шитья Музеев Московского Кремля — одна из самых выдающихся в России, ее составляют предметы из патриаршей ризницы, одного из древнейших хранилищ произведений искусства. Большинство произведений лицевого шитья связано с церковным интерьером: здесь можно увидеть «воздухи» и пелены, украшавшие стены и алтарные преграды церквей; завесы царских врат; покровы на престолы и жертвенники; судари или покровцы на церковные сосуды; надгробные покровы и плащаницы.
Помимо этого, на втором этаже можно посетить церковь Двенадцати Апостолов и Приказную палату — помещение, воспроизводящее обстановку жилой комнаты. Первый этаж Патриаршего дворца занимает Одностолпная палата, которая используется как выставочное пространство.