В одноэтажном здании площадью 342,6 кв. м — шесть залов (геологический; растительный и животный мир; особо охраняемые природные территории РФ; особо охраняемые природные территории Забайкальского края и Агинского Бурятского округа, а также зал экологического образования и воспитания. Есть конференц-зал и кабинеты для персонала. Раскрывают многообразие природы Забайкалья стенды и экспонаты музея (горные породы и минералы, палеонтологические и археологические коллекции, насекомые, чучела птиц и рыб, гербарии редких и лекарственных растений, марки и значки о растениях и животных, научные книги по экологии, Красные книги, фотографии заповедников, заказников, национальных парков, памятников природы и т. д). В витринах представлены научные труды по заповедникам России и Забайкальского края, о национальном парке «Алханай» и другие материалы.
Учтено более 6 500 экспонатов основных и вспомогательных фондов. В музее регулярно проходят массовые природоохранные мероприятия — экологические недели и акции, такие как Дни птиц, Земли, леса, День эколога, Марш парков, День защиты детей и другие. В них активное участие принимают учащиеся школ поселка Агинское, воспитанники ЦЭВД «Залуу наhан», школы искусств имени К.И. Базарсадаева, всех детских садов и учащиеся Амитхашинской средней школы. Дети с удовольствием осматривают залы музея, слушают доступные им лекции, участвуют в КВН, викторинах, играх, конкурсах рисунков и фотографий, поделок из природного материала. И радуются, получая грамоты и сувениры. В летнее время сотрудники музея постоянно участвуют в экологических экспедициях с учащимися школ и учителями биологии, экологии и географии, в полевых практиках студентов Агинского педагогического колледжа.
