Главный дом усадьбы Фряново построен в конце XVIII — начале XIX века на средства действительного статского советника, екатерининского вельможи, фабриканта Ивана Лазарева. Одна из немногих сохранившихся деревянных усадеб Подмосковья является памятником архитектуры и объектом культурного наследия федерального значения.
12 октября 2004 года музей принял первых посетителей. В тот момент он занимал всего четыре небольших комнаты, деля усадьбу с музыкальной школой. Вскоре школа переехала в другое здание, и вся усадьба, за исключением до сих пор жилых флигелей, перешла в ведение музейных сотрудников. В октябре 2024 года усадьба Фряново присоединилась к Щелковскому историко-художественному музею в статусе отдела.
В настоящее время создана интересная краеведческая экспозиция, посвященная истории фряновской шелкоткацкой, а затем шерстопрядильной фабрики, роду Лазаревых, церковной истории и археологическим раскопкам, последним владельцам усадьбы — семье Залогиных. В отделе «Усадьба Фряново» проводятся художественные выставки, экскурсии, концерты классической музыки, встречи с потомками фряновских фабрикантов.
