Иннокентьевская гимназия была учреждена Якутской епархией Русской православной церкви 2 марта 2010 года.
В сентябре 2019 года был подписан договор о совместной деятельности между школой № 31 Якутска и Иннокентьевской гимназией. Дети одновременно являются учениками школы и воспитанниками гимназии. Совместная деятельность создает единое образовательное пространство в рамках ФГОС.
В гимназии ведется обучение по программе начального общего образования. За каждым классом закреплены два педагога: классный руководитель и воспитатель. В гимназии работают опытные педагоги. Современная материально-техническая база способствует качественной организации учебно-воспитательного процесса и дополнительного образования.
Здесь проводятся различные концерты и фестивали классической и духовной музыки.