Аптека работала с 1760 года, позже ее выкупил Вильгельм Пель, который вскоре стал поставщиком двора Его Императорского Величества. С этого момента началась история династии аптекарей, которые первыми в России произвели таблетки, ампулы и даже позолоченные пилюли. Пелям приписывали увлечение алхимией. Кирпичную трубу над лабораторией до сих пор называют «Башней грифонов»: по легенде, грифоны аптекарей жили на ней и охраняли секреты производства золота. Аптека работала и во время революции, и в дни блокады, а 2010 году открыла свои двери в качестве музея.
В коллекции представлено более 300 экспонатов: медицинские инструменты и аппараты разных эпох, химическая утварь, старинные лекарства в гербовых флаконах. В подземном помещении находится алхимическая лаборатория и бомбоубежище времен блокадного Ленинграда. В музее проводятся экскурсии, мастер-классы и концерты. Работает служба доставки записок с желаниями гостей аптеки на «Башню грифонов».