Музей был основан в 1984 году на базе Кондопожского музея на общественных началах. Учреждение было открыто для публики 28.06.1984 г., в день 40-летия освобождения г. Кондопоги от немецко-фашистских захватчиков.
За годы своей деятельности музей смог занять достойное место в культурной жизни города и района.
В 2009 году в музее открылась историко-краеведческая экспозиция «За далью времени». Материалы экспозиции рассказывают об истории земель Лопских погостов в Обонежье XVII-XIX столетий, а также эпохе решительных преобразований XX века. В экспозиции освещаются события от первых железоделательных заводов гамбургского купца Бутенанта фон Розенбуша, до строительства Кондопожской ГЭС и фабрики для производства газетной бумаги.
Музейную экспозицию составляют уникальные фотоматериалы, документы, кинохроника 1920-х годов, подлинные предметы Кондопожского музея и частных коллекций. Визуальная особенность краеведческой экспозиции «За далью времени» состоит в использовании специально спроектированного дизайнерской фирмой «Артнаволок» музейного оборудования.
В 2011 году начала работу экспозиция «Как кузнец Илмаллиннэ свататься ездил». Выставка рассказывает о прошлом и настоящем культуры карелов-людиков. Это завершающее событие проекта «Путешествие в страну людиков», который музей осуществил при поддержке благотворительного фонда В. Потанина.
Экспонаты выставки охватывают более чем вековой период — с конца XIX века вплоть до настоящего времени. Это предметы традиционных занятий и быта карелов из музейных и иных собраний.
Музей ведёт большую экспозиционно-выставочную деятельность, предлагая посетителям постоянно меняющиеся выставки как из своих фондов, так из фондов других музеев Карелии, персональные выставки произведений живописи, графики, декоративно-прикладного искусства, фотографий художников и мастеров Кондопоги, Карелии и других регионов, а также естественно-научных коллекций.
Музейно-образовательная деятельность музея по программе «Познаю мир с музеем» охватывает учащихся всех городских школ, детских дошкольных учреждений, учреждений дополнительного образования. Разнообразные интерактивные занятия, экскурсии, мастер-классы знакомят детей с историей родного края, способствуют формированию ценностного отношения к культурному наследию и прививают вкус к общению с музейными ценностями.