Музей Ф.И. Шаляпина был открыт 11 апреля 1975 г. в последней петербургской квартире певца. Здесь, на Аптекарском острове, в доме 2Б по Пермской улице (ныне ул. Графтио), великий певец прожил с 1915 по 1922 год, отсюда же он навсегда уехал за границу. Квартира и имущество были оставлены на попечение секретаря и верного друга И.Г. Дворищина.
В 1927 году советское правительство обвинило артиста в помощи белоэмигрантам, лишило звания «Народного артиста республики» и запретило въезд в Россию. Квартиру на Пермской начали уплотнять, а оставшиеся вещи отошли новым жильцам. К счастью, большую часть имущества Дворищин собрал в своих комнатах, прежде служивших Шаляпину будуаром и спальней. В начале Великой Отечественной войны жильцы квартиры, в том числе и семья Дворищина, были эвакуированы, но сам Исай Григорьевич остался. Зимой 1942 он умер от голода. Ценой его жизни была сохранена большая часть личных вещей Шаляпина. Сотрудники Театрального музея вывезли архивные материалы и небольшие предметы в музей, а остальное опечатали. Уже после войны наследники Дворищина передали музею мебель, картины, предметы декоративно-прикладного искусства.
Дальнейшая судьба шаляпинской квартиры драматична. Как и большинство перенаселенных петербургских коммуналок, она являла собой удручающее зрелище: закопченные потолки, прожженные буржуйками паркетные полы, отстающие от стен грязные обои, вереницы электрических счетчиков.
В 1960-х было принято решение о создании музея Ф.И. Шаляпина. Музейщики, настоящие энтузиасты своего дела, взялись за работу. Были воссозданы интерьеры и декоративное убранство квартиры. Слуги Шаляпина, домоправительница Полина Ивановна Хвостова и ее муж Николай Николаевич, повар, которые в деталях помнили «как было», помогли с расстановкой мебели, развеской картин и прочим. Фонд музея быстро пополнялся. Дети Федора Ивановича передали хранителям письма, фотографии, личные вещи артиста, некоторые картины, а ленинградские театры предоставили костюмы, афиши и предметы обстановки шаляпинской грим-уборной. В 1975 году экспозиция была открыта для посетителей. Однако при Советской власти имя Шаляпина не фигурировало в названии, официально музей именовался отделом «Русский оперный театр». На вывеске имя Шаляпина появилось уже в годы перестройки с подачи Раисы Максимовны Горбачевой.
В феврале 1998 года, к 125-й годовщине со дня рождения Ф.И. Шаляпина, после семилетнего капитального ремонта и реставрации, музей вновь стал доступен для широкой публики. Были восстановлены прихожая, столовая, спальня, большая и малая гостиные, а также воссоздан уголок грим-уборной артиста в Мариинском театре. Главные события жизни и творчества Шаляпина отражены в экспозиции письмами и фотографиями, афишами и программами, его личными вещами и предметами быта, живописью и рисунками, театральными костюмами и эскизами декораций к спектаклям, в которых играл Шаляпин. Также в музее хранится коллекционное оружие, подаренное певцу Максимом Горьким.
Особый интерес представляют живописные работы выдающихся художников А. Головина, К. Коровина, А. Яковлева, изображающие Шаляпина в жизни и на сцене. Знаменитый портрет кисти Б. Кустодиева (1921 г.) также находится в экспозиции. Шаляпин очень любил этот портрет и увез его с собой за границу. В 1968 году дочери певца Марфа и Марина передали портрет в дар Театральному музею.