Первые упоминания Измайлова относятся ко второй половине XVI века. В период опричнины царь Иван Грозный пожаловал свое село боярину Никите Романовичу Захарьину Юрьеву, брату своей супруги, царицы Анастасии Романовой. Во второй половине XVII века родовая усадьба Романовых перешла во владение царя Алексея Михайловича. В 1660-е годы были созданы Серебряный и Виноградный пруды и возник рукотворный остров.
Архитектурный ансамбль Измайловского острова формировался в течение 30 лет. В окрестностях острова царь Алексей Михайлович расширил охотничье хозяйство, создал зверинец, конюшни, скотные и птичий дворы, пасеку, кирпичный и стекольный заводы, основал новые крестьянские поселения. Обширные территории государь приспособил под пашню, сады и огороды, в которых проводились опыты по разведению редких растений. Для переработки сельскохозяйственной продукции были возведены амбары, мельницы, пивоварня.
Измайлово повлияло на формирование у будущего императора Петра I личностных предпочтений. Благодаря находке на территории усадьбы английского бота Петр увлекся мореплаванием и кораблестроением, что привело к созданию военно-морского флота России.
В XVIII веке усадьба постепенно пришла в запустение. По желанию императора Николая I в память победы в Отечественной войне 1812 года на Измайловском острове была основана военная богадельня для инвалидов (ветеранов) войны. Комплекс возводился по проекту архитектора К.А. Тона. Торжественное открытие богадельни состоялось в 1850 году.
После Октябрьской революции 1917 года на Измайловском острове был устроен один из первых в Москве рабочих городков. В 1970-е годы здесь находились научные, реставрационные и музейные организации. Основные события, происходившие на Измайловском острове, сопрягались с историческими изменениями в России.
С 2007 года исторические и архитектурные памятники Измайловского острова находятся в ведении Московского государственного объединенного музея-заповедника.
Традиционно на территории усадьбы Измайлово, на площадке под открытым небом на территории каре Государева двора, проходят культурно-массовые мероприятия, посвященные Дню победы и Дню города Москвы.
Для территории Измайлова разработаны и успешно реализуются экскурсии, экскурсионно-художественные программы, лекции и музейные занятия, которые знакомят с историей Измайловского острова со времен царской вотчины царя Алексея Михайловича до создания на острове рабочего городка им. Н.Э. Баумана, а также с бытом, традициями и праздниками русского народа.
В экскурсиях освещаются страницы истории о пребывании на острове царя Петра I и историческая находка им ботика, создание Измайловской Николаевской военной богадельни.
На территории усадьбы отрыты сменные и постоянно действующие выставки и экспозиции. В Измайлово успешно проходит олимпиада для московских школьников «Музеи. Парки. Усадьбы».