Гимназия была открыта в 1964 году и имела статус общеобразовательной школы, в 1997 году ей присвоен статус школы-гимназии, в 2013 году — гимназии № 13.
Гимназия № 13 — участница Всесоюзного эксперимента и апробации модели общего образования «Экология и диалектика», эксперимента по отработке общеобразовательной модели «Школа 2 100», участница (пилотная школа) мегапроекта «Развитие образования в России. Среднее образование», победительница всероссийских конкурсов «Школа года» (1998, 1999, 2000, 2001, 2002), в 2001 году стала «Школой века».
В 2003 году по результатам научно-педагогической деятельности гимназия занесена в энциклопедию «Лучшие школы России». Имена 9 учеников занесены в книгу «Одаренные дети России», 6 воспитанников — в книгу «Лучшие учащиеся Кабардино-Балкарии». Четверо учащихся удостоены гранта президента РФ, двое — гранта президента КБР.
Процесс обучения в школе не может обходиться без общешкольных мероприятий: собраний, концертов, конкурсов, викторин, спектаклей, кинофильмов и т. д. Они проводятся в актовом зале и обогащают культурную жизнь школьников, помогают развивать различные творческие способности, решать общешкольные проблемы. Помещение актового зала единовременно способно вместить 230 человек.