Первое упоминание о Ягодинской школе было найдено в документах Наркомпроса за 1929 год. Типовое здание было построено в 1934 году и приняло учеников 4 января. Это были дети спецпереселенцев и дети из соседних поселков, которые продолжали обучение после начальной школы. В военное время школа приняла 150 детей из блокадного Ленинграда. Первоначально школа была семилетней, потом восьмилетней. В 1980 году было построено новое двухэтажное здание, школа стала средней, ее первый выпуск состоялся в 1982 году.
Через 26 лет началось строительство нового здания. И 1 сентября 2010 новая современная школа открыла свои двери. 7 февраля 2004 года в школе был открыт историко-краеведческий музей. За 19 лет его работы было реализовано много разных выставок и проектов. Ребята-кружковцы становились победителями районных, окружных и федеральных конкурсов исследовательских работ. С 2019 года в музее реализуется проект «Русский стиль: история русского костюма». Уже готовы коллекции костюмов «Русь ведическая», «Русский северный костюм», «Боярский костюм», «Тайны дворцовой моды» — к 350-летию со дня рождения Петра I. Все эти коллекции демонстрируются учениками и учителями на разных площадках Ханты-Мансийского округа.