Официальной датой создания Республиканского театра кукол Республики Марий Эл считается май 1942 года, хотя как творческий коллектив он начал работать несколько раньше.
У истоков создания кукольной труппы стоял Георгий Константинович Крыжицкий. Много лет (с 1977 по 2001 год) главным режиссером и художественным руководителем театра была Екатерина Ивановна Ярденко — ученица Сергея Владимировича Образцова. Екатерина Ивановна — заслуженный деятель искусств Марийской АССР (1986 год), член Союза театральных деятелей Российской Федерации с 1983 года.
С 2014 по 2022 год художественным руководителем театра был заслуженный деятель искусств Республики Марий Эл Алексей Анатольевич Ямаев. Его спектакль «Ночной караул» был номинирован на Российскую Национальную театральную премию «Золотая маска». Художник спектакля Сергей Таныгин стал лауреатом премии.
В настоящее время художественным руководителем театра является заслуженная артистка Российской Федерации Галина Владимировна Ковалева. В планах театра много прекрасных постановок, он живет насыщенной творческой жизнью и радует своих зрителей. В репертуаре — как детские спектакли, так и спектакли для взрослого зрителя.
В 2022 году в Республиканском театре кукол открылся зал для самых маленьких зрителей (от 1 года до 4 лет) и состоялась премьера первого бэби-спектакля «Театр на ладошке. Весна».
