Видный религиозный деятель, историк, философ, просветитель, педагог Шигабутдин Марджани родился в 1818 году в деревне Епанчино (Ябынчы) Атнинского района. С 1992 года началось изучение его жизненного пути и деятельности, а также ведется сбор экспонатов для музея. Значительную помощь в сборе экспонатов оказали правнучки Марджани — Суфия Мустафина и Надия Ильясова, а также специалисты Национального музея Республики Татарстан.
Мемориальный музей Ш. Марджани был создан как филиал Государственного объединенного музея РТ (ныне Национальный музей РТ) в октябре 2000 года. С 1 апреля 2010 года является филиалом Атнинского районного краеведческого музея. В 2014 году для музея отремонтировали 2 комнаты в здании Коморгузинской средней школы имени Ш. Марджани.
Музей Ш. Марджани состоит из двух экспозиционных залов. Первый зал отражает жизнь хазрата, учебу в Бухаре. Второй зал — казанский период жизни, представлены личные вещи деятеля.
В музее на постоянной основе проводятся культурно-образовательные мероприятия: занятия, лекции, встречи, выставки, беседы с использованием презентаций, кинофильмов, мультфильмов.