Когда закончилась Русско-польская война, страну охватил еще один конфликт — восстание
Степана Разина. При Алексее Михайловиче был установлен бессрочный сыск
беглых крестьян — и это послужило катализатором недовольства. Обычно беглые крестьяне отправлялись на Дон, где действовал принцип «с Дону выдачи нет», и становились казаками. Стремление властей ограничить казачью вольницу привело к конфликту. В конце 1660-х годов казаки под началом Степана Разина устраивали набеги на города, а в 1771 году отправились на Москву. Целью этого похода была объявлена борьба с боярами. Но до Москвы восстание не дошло, бунт был подавлен, а Степан Разин — казнен.
Несмотря на все эти кризисы, Алексей Михайлович вошел в историю как Тишайший. Существует несколько теорий возникновения этого прозвища. Часть источников утверждает, что царь получил его из-за своего характера. Многие современники считали его добрым и мягким человеком. Кроме того, он был очень религиозен: соблюдал все обряды, в постные дни ничего не ел и не пил. Например, царский врач Сэмюэль Коллинз так отзывался об Алексее Михайловиче: «…обыкновенно добр, благодетелен, целомудрен, очень привязан к сестрам и детям, одарен обширной памятью, точен в исполнении церковных обрядов, большой покровитель веры».
Другие исследователи утверждают, что именование Тишайший к личностным качествам царя никакого отношения не имело. Так, филолог, исследователь русской литературы и академик РАН Александр Панченко писал, что слово «тишайший» было неким титулярным элементом. Его по отношению к Алексею Михайловичу использовал, например, Симеон Полоцкий в предисловии траурного «гласа последнего ко Господу Богу святопочившаго о Господе благочестивейшаго, тишайшаго, пресветлейшаго Государя Царя и Великаго Князя Алексия Михайловича». В старину «тишайшим» был тот монарх, который поддерживал в государстве порядок — а Алексей Михайлович, остававшийся у власти вопреки всем восстаниям, войнам и другим кризисам, был как раз таким.
То, что эпитет «тишайший» относился не к самому Алексею Михайловичу, а к его титулу, подтверждает и тот факт, что в 1676 году, когда на царство венчался Федор Алексеевич, тот же Симеон Полоцкий преподнес ему в дар сборник «Гусль доброгласная». Он открывался словами «нововоцарившемуся благочестивейшему тишайшему пресветлейшему великому государю царю и великому князю Феодору Алексиевичу».
А известный в XIX веке историк Евгений Карнович указывал, что до того, как Петр I принял царский титул, во время богослужений к нему обращались как к «тишайшему, избранному и почтенному царю и великому князю». Хотя тишайшим и мирным характером Петр Алексеевич никогда не отличался. Также Карнович писал, что, когда во второй половине XVII века в русский язык стал «водворяться латинизм», словом «тишайший» стали обозначать «употреблявшееся на Западе величание государей
deinentissimus».