К октябрю 1934 года роман был написан почти целиком — только последняя глава осталась лишь в виде наброска. Работа над текстом близилась к завершению: главным героем стал Мастер, наметилась любовная линия, история Иешуа пронизывала весь роман. Но Булгаков вновь оставил работу над «Мастером и Маргаритой» и вернулся к театру, к
пьесам.
Однако в 1936 году Булгаков понял, что его жизнь подходит к концу. Он постоянно говорил друзьям о грядущем уходе, много шутил о смерти. И оказался прав: спустя три года писатель серьезно заболел и принялся исправлять роман.
«Во время болезни он мне диктовал и исправлял «Мастера и Маргариту«, вещь, которую он любил больше всех других своих вещей. Писал он ее двенадцать лет. И последние исправления, которые он мне диктовал, внесены в экземпляр, который находится в Ленинской библиотеке. По этим поправкам и дополнениям видно, что его ум и талант нисколько не ослабевали», — вспоминала Елена Сергеевна.
Писатель так и не успел внести все правки. Из-за болезни он потерял способность говорить и лишь изредка мог произносить начала и концы слов. Роман так и остался недописанным.
После смерти Булгакова его жена сама вносила в «Мастера и Маргариту» изменения по сохранившимся черновикам, пыталась исправить некоторые недочеты, но финальный замысел так и остался неизвестным даже ей. Так до наших дней дошел незаконченный текст романа, который привела к известному современному читателю виду Елена Булгакова.