Согласно указу Великого государя, на Большом Заяцком острове, рядом с которым располагался флот, на протяжении нескольких дней была выстроена небольшая деревянная часовня, освященная в честь святого апостола Андрея Первозванного, являющегося покровителем всего Российского флота.
На территории острова располагался не только монастырский портовый, но и необходимый хозяйственный корпус, который стал местом надежного пристанища для всех путешествующих. Выстроенная из больших валунов гавань с небольшой пристанью, а также каменные палаты были возведены на этом острове еще во времена пребывания здесь игумена-святителя Филиппа — в течение 1548–1566 годов. До нашего времени хорошо сохранились валунный погреб, выстроенный в 19 столетии, и небольшая поварня. На прибрежных зонах острова находилось множество различных обетных, сделанных из дерева крестов, воздвижение которых было делом рук мореплавателей.
На этом острове, как и на других Соловецких островах, находился Соловецкий лагерь. Их стали называть «острова штрафных командировок», на которых неминуемо умирали замученные узники.
После того, как в Соловецком монастыре жизнь снова возродилась, в 1992 году Великий российский патриарх Алексий II дал свое благословление на совершение Божественной литургии во всех оставшихся и сохранившихся храмах, а также приделах Соловецкого монастыря.
